Bioinformaticien/ Bioinformatician

Montreal, QC, Canada
Full Time
Mid Level

À propos de CellCarta

CellCarta est l'un des principaux fournisseurs à l'industrie biopharmaceutique en matière de services de laboratoire spécialisés en médecine de précision. Grâce à ses plateformes analytiques intégrées en immunologie, histopathologie, protéomique et génomique, ainsi qu'à ses services connexes de collecte d'échantillons et de logistique, CellCarta soutient l'ensemble du cycle de développement des médicaments, de la découverte aux essais cliniques avancés. La compagnie est présente dans le monde entier et emploie plus de 800 personnes dans ses neuf sites situés au Canada, aux États-Unis, en Belgique, en Australie et en Chine.

Sommaire

En tant que membre du groupe Science des données et multi-omique, le bioinformaticien participe à la conception des études, au contrôle de la qualité et à l'analyse des données de spectrométrie de masse protéomique, ainsi qu'à la visualisation des résultats et à l'établissement de rapports sur les données issues des essais protéomiques et immunologiques. Le bioinformaticien est responsable du traitement des données brutes de spectrométrie de masse, de la réalisation d'analyses et de la fourniture d'interprétations et de conclusions pouvant être tirées des résultats. En outre, le titulaire du poste peut contribuer à l'élaboration et à la mise à jour de la documentation relative à la gestion des données, notamment les procédures opératoires normalisées (POS) et les accords de transfert de données (ATD). Le candidat retenu effectuera également des analyses ad hoc et conseillera l'équipe scientifique sur des questions générales de bioinformatique et de gestion des données. Le bioinformaticien devra proposer et mettre en œuvre de nouvelles procédures de contrôle de la qualité et d'analyse des données et/ou améliorer les procédures existantes.

Responsabilités principals

  • Effectuer l'analyse des données de spectrométrie de masse à l'aide des logiciels Elucidator et PEAKS, Mascot, OMSSA, X!Tandem, Peptide/Protein Prophet, etc ;
  • Évaluer les annotations de protéines et les bases de données de spectrométrie de masse en protéomique ;
  • Fournir des annotations biologiques, et automatiser leur extraction, leur analyse, leur transformation et leur chargement à partir de bases de données publiques ou internes;
  • Proposer et mettre en œuvre de nouvelles procédures de contrôle de la qualité et d'analyse des données ;
  • Fournir une visualisation claire et un résumé des résultats d'analyse ;
  • Fournir des recommandations scientifiques sur la manière d'améliorer la qualité des résultats et le débit de la plateforme de recherche ;
  • Effectuer des analyses ad hoc pour évaluer la qualité des données ou améliorer la compréhension des résultats;
  • Rédiger et réviser les sections des protocoles et des rapports d'étude ;
  • Effectuer des activités de gestion des données selon les besoins, y compris la compilation des données et la révision du CQ.

Éducation

MSc. ou Ph.D. en bioinformatique ou dans un domaine d'étude connexe.

Compétences et experience requis

  • Trois ans d'expérience professionnelle en protéomique ou dans un domaine connexe de la bioinformatique ;
  • Connaissance d'un langage de programmation comme R, Python, SQL ou SAS ;
  • Expérience des bases de données relationnelles telles que Oracle, SQL Server ou MySQL ;
  • Solide compréhension de la biologie moléculaire, de la protéomique et de la spectrométrie de masse ;
  • Solides compétences en communication orale et écrite pour faire des présentations internes et aux clients ;
  • Bonne tenue de dossiers, attention aux détails et engagement à réaliser un travail de bonne qualité ;
  • Excellentes compétences interpersonnelles et capacité à travailler en collaboration au sein d'une équipe de recherche multidisciplinaire ;
  • Excellent sens de l'organisation et capacité à établir des priorités et à mener plusieurs tâches de front.

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About CellCarta

CellCarta is a leading provider of specialized precision medicine laboratory services to the biopharmaceutical industry. Leveraging its integrated analytical platforms in immunology, histopathology, proteomics and genomics, as well as related specimen collection and logistics services, CellCarta supports the entire drug development cycle, from discovery to late-stage clinical trials. The company operates globally with over 800 employees in its nine facilities located in Canada, USA, Belgium, Australia, and China.

Summary

As part of the Data Science and Multi-Omics group, the Bioinformatician is involved in study design, quality control, and analysis of proteomic mass spectrometry data, as well as visualization of results and reporting of data from proteomics and immunological assays. The Bioinformatician is responsible for the data processing of raw mass spectrometry, carrying out analyses and providing interpretations and conclusions that can be derived from the results. Furthermore, the incumbent may assist with development and maintenance of data management documentation including Standard Operating Procedures (SOPs) and Data Transfer Agreements (DTAs). The successful candidate will also perform ad-hoc analyses and advise the scientific team on general bioinformatics and data management questions. The Bioinformatician is expected to propose and implement new quality control and data analysis procedures and/or improve existing ones.

Responsibilities

  • Perform analysis of mass spectrometry data using the Elucidator and PEAKS software, Mascot, OMSSA, X!Tandem, Peptide/Protein Prophet, etc.;
  • Evaluate protein annotations and proteomics mass spectrometry databases;
  • Provide biological annotations, and automate their extraction, parsing, transformation and loading from public or in-house databases;
  • Propose and implement novel quality control and data analysis procedures;
  • Provide clear visualization and summary of analysis results;
  • Provide scientific recommendations on how to improve the quality of the results and the throughput of the research platform;
  • Perform ad-hoc analysis to evaluate data quality or improve the understanding of the results;
  • Write and review sections for protocols and study reports;
  • Perform Data Management activities as needed, including data compilation and QC review.

Education

MSc. or Ph.D. in Bioinformatics or related field of study.

Main Requirements

  • Three years of work experience in proteomics or related bioinformatics field;
  • Knowledge of programming language like R, Python, SQL or SAS;
  • Experience with relational databases such as Oracle, SQL Server or MySQL;
  • Solid understanding of molecular biology, proteomics and mass spectrometry;
  • Strong oral and written communication skills to make internal and client presentations;
  • Good record keeping, attention to details and commitment to achieve good quality work;
  • Excellent interpersonal skills and ability to work collaboratively as part of a multidisciplinary research team;
  • Excellent organisational skills and ability to prioritise and multitask.
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